La Facultad de Teología Pontificia y Civil de Lima tiene su origen en la decisión histórica del Maestro General de la Orden de Predicadores, fray Agustín Recuperato de Favencia, de crear la Provincia de San Juan Bautista, el 4 de enero de 1540. Esta Provincia tendría como sede el Convento de Santa María del Rosario de Lima. El fraile instruye también sobre la creación de un studium para formar lectores de Artes (Filosofía) y Teología.

Los superiores de la nueva Provincia se reunieron en el Cuzco el 1 de julio de 1548 y decidieron crear el studium en la ciudad de Lima. Casi tres años después, con los estudios de Teología en desarrollo, por Cédula Real del 12 de mayo de 1551, el Rey de España creó la Universidad de Lima con todos los privilegios de la Universidad de Salamanca. Los estudios de Teología fueron incorporados a esta Universidad sirviendole de base para su existencia.

Así se constituyó la Facultad de Teología, la primera de esta nueva Universidad. San Pío V la aprobó también con el breve Exponi nobis del 26 de julio de 1571. En 1574, esta institución tomó el nombre de Universidad de San Marcos.

El origen histórico de la educación en estudios teológicos otorga a nuestra universidad el privilegio de ser la iniciadora de los estudios universitarios en el Perú, tanto de pregrado como de posgrado. Con las reformas emprendidas por el gobierno de la República , a mediados del siglo XIX,  la Facultad pasó a funcionar en un ambiente cedido por el Seminario de Santo Toribio bajo la jurisdicción del Arzobispado y con plena autonomía académica y administrativa.

En 1935, la Facultad de Teología se segregó de la Universidad San Marcos con plena aquiescencia de la autoridad civil. Desde entonces hasta la vigente Ley universitaria N° 30220 el Estado Peruano ha reconocido nuestro estatus universitario, siendo a la vez universidad privada asociativa y universidad católica, con la Facultad de Teología que tiene naturaleza jurídica de Facultad eclesiástica.

Nuestra universidad, la Facultad de Teología Pontificia y Civil de Lima, con la experiencia de sus cuatrocientos sesenta y cinco años de existencia, garantiza la solidez de la educación que imparte, mediante una formación caracterizada por el profundo respeto a los postulados de la Iglesia y sobre la base de un saludable pluralismo teológico.