La Facultad de Teología Pontificia y Civil de Lima encuentra su origen en el Estudio General de la Orden de Predicadores instituido el 1 de julio de 1548 en el Convento del Rosario de la ciudad de Lima. Por Cédula Real del 12 de mayo de 1551, se creó la Universidad Real de la Ciudad de los Reyes, el Estudio General de la Orden de Predicadores pasó a ser la primera Facultad de dicha universidad.
En 1571, mediante el breve Exponi nobis, el papa Pío V confirma la Universidad otorgándole los privilegios, indultos, gracias, inmunidades y exenciones como los concedidos y concedidas a la Universidad de Salamanca. En 1574 la Universidad asume como patrono al evangelista san Marcos, convirtiéndose en la Universidad de San Marcos, aún existente. Los estudios de Teología fueron los primeros estudios universitarios en América del Sur; la Facultad de Teología quedó dentro de la Universidad de San Marcos.
En San Marcos las cátedras propias de la Facultad de Teología eran consideradas como las de mayor rango, junto a ellas se consideraban las de Cánones (Derecho Canónico) y las de Artes o Filosofía.
A finales del siglo XIX y comienzos del XX la Facultad de Teología, siendo aún parte de la Universidad de San Marcos, fue desarrollándose con cierta autonomía académica y administrativa. Desde 1929, además de ofrecer grados académicos de ciencias eclesiásticas, le fue concedido por su Reglamento Interno, que aplicaba el Estatuto Universitario de 1928, ofrecer el título de profesor de religión.
El Estatuto Universitario promulgado por el Estado en 1935, independiza a la Facultad de Teología de la Universidad de San Marcos. Dicho Estatuto y el Decreto Supremo aclaratorio, reconoce a la Facultad de Teología como «una institución superior de enseñanza, independiente de la Universidad de San Marcos, la cual subsiste con personalidad jurídica como entidad oficial de estudios eclesiásticos superiores, regida por su propio Reglamento. Se le reconoce la facultad de otorgar grados de Teología y derecho Canónico, cuyos diplomas se registran en el Ministerio de Instrucción. La Sagrada Congregación de Seminarios y Universidades, el 29 de junio de 1937, aprobó los Estatutos presentados por la Facultad de Teología, confirmándose así el carácter pontificio y el civil.
A partir de entonces, «no obstante las futuras disposiciones que adoptó el estado en materia de educación, el status jurídico de la Facultad de Teología no sufrió mayores cambios, pudiendo afirmarse que dentro del sistema universitario peruano su situación legal, es la de una institución universitaria nacional para los estudios eclesiásticos, cuyos grados tienen el mismo valor oficial que los de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos, y goza de las demás prerrogativas de las universidades nacionales. Al mismo tiempo, sin embargo, está bajo la plena jurisdicción y competencia de la Suprema Autoridad eclesiástica en el orden académico y disciplinario, con el reconocimiento del Estado, de acuerdo al régimen vigente de unión y colaboración entre los dos poderes» (L. BUSTAMANTE OTERO, «Del estudio dominico al estatuto universitario de 1935: bosquejo histórico de la Facultad de Teología Pontificia y Civil de Lima», RTLi 26/2, p. 295).
Por Decreto Ley 18009, del 26 de noviembre de 1969, la Facultad es reconocida como persona jurídica de derecho privado, entidad de estudios eclesiásticos superiores que se rige por sus propios Estatutos; se reconoce también que es «la más antigua de América y viene funcionando sin interrupción» y «es conveniente, por razones de orden histórico y tradicional, conservar sin variantes el nombre de dicha Facultad».
La Ley Universitaria del Perú, n. 23733 de 9 de diciembre de 1983, en el artículo 98 declara: «La Facultad de Teología Pontificia y Civil de Lima se gobierna por su propio Estatuto; tiene la autonomía y derechos de las Universidades y otorga los grados y títulos de Bachiller, Licenciado y Doctor en Teología y en Derecho Canónico.»
La Ley 26327 del 31 de mayo de 1994, modifica el artículo 98 de la 23733 con el siguiente texto: «Artículo 98.- La Facultad de Teología Pontificia y Civil de Lima se gobierna por su propio Estatuto. Tiene la autonomía, derechos y deberes de las universidades y pertenece al Sistema Universitario Peruano.»
La Ley Universitaria vigente, n. 30220, de julio de 2014, en la segunda disposición complementaria dispone: «SEGUNDA. Facultad de Teología Pontificia y Civil de Lima. La Facultad de Teología Pontificia y Civil de Lima se gobierna por su propio Estatuto. Tiene la autonomía, derechos y deberes de las universidades y pertenece al Sistema Universitario Peruano.»